近年、生物の分布や組成をモニタリングする手法として環境DNA分析が注目されている。しかし、環境DNA分析では生物の発達段階や生理状態の直接的な推定は不可能である。生物の発達段階や生理状態に応じて、DNAからRNAが転写されることから、環境RNA分析では生物の発達段階や生理状態の推定が可能であると考えられる。本研究では、環境DNAと比較し分解されやすい環境RNAを最適に検出するためのプロトコルを検討し、野外環境への適用を試みた。水槽実験では、カワバタモロコ（Hemigrammocypris rasborella）を対象種として、環境DNA分析で用いられる塩化ベンザルコニウム（BAC）とRNAlaterが、環境RNAの保存に有効であるか検証した。しかし、環境RNAの収量を有意に増加させうるという結果は得られなかった。また、孔径サイズの異なる3種類のフィルター、GF/Fフィルター（0.7μm）、GF/Bフィルター（1.0μm）、GF/Dフィルター（2.7μm）を用いて環境RNA濃度を比較した。GF/Fフィルターと比較し、GF/Dフィルターでは環境RNA収量が有意に減少した。野外実験では、水槽実験の結果を元に、コイ（Cyprinus carpio）の環境RNAの検出を試みた。リアルタイムPCRには、シトクロムb遺伝子とITS1領域、CRH遺伝子をマーカーとして用いた。その結果、シトクロムb遺伝子をマーカーとした4つのサンプルでのみ環境RNAが検出できた。本研究は、野外環境から魚類の環境RNAを検出した初めての研究である。しかし、本研究で明らかになった野外の環境RNAの検出率の低さは、今後環境RNA分析を進めていく上で大きな課題であり、環境RNAの検出を最適化する方法については、ろ過量や保存方法、採水時期、対象のマーカーなど様々な過程で検討を行う必要がある。