アジア大陸東部に分布域をもつツキノワグマは、日本では本州全域および四国に生息している。ツキノワグマは50〜30万年前に朝鮮半島を伝って日本に渡ってきたと考えられている。大陸から日本への移入は複数回あったのか、またどのように分布を拡大していったのかを明らかにするために、国内のサンプルおよび大陸のデータを用いて系統地理学的解析を行った。

中国地方を除く本州各地および四国から収集した筋肉片、血液、体毛、糞など計589サンプルを用いた。中国地方および近畿地方では先行研究から108個体分のデータを引用した。中国四川省、雲南省、北朝鮮、台湾のツキノワグマのデータはDDBJより引用した。

ミトコンドリアDNA D-loop領域約700bpの塩基配列を決定した結果、57ハプロタイプが検出された。ベイズ推定による系統解析の結果、これらは3つの大きなクラスターに分けられた。各クラスターに属するハプロタイプの分布域は琵琶湖〜東北（東クラスター）、琵琶湖〜中国地方（西クラスター）、紀伊半島および四国（南クラスター）と明瞭に分かれた。大陸および台湾のツキノワグマは日本とは異なるクラスターを形成し、それらは日本の３クラスターよりも分岐が深かった。分岐年代を推定した結果、日本の３クラスターは比較的短時間で分岐したと考えられた。

以上の結果から、日本のツキノワグマは朝鮮半島を通じて大陸から1回渡ってきた後、短時間で３系統に分岐が進んだ。その後、各クラスターの分布域間での遺伝子流動はほとんど無く、地域特異的な分化が進んでいったと考えられる。