ヌマエビParatya compressaの南部グループは、本州北部から琉球列島にかけて分布し、幼生期に高い海水要求性を示す両側回遊型の生活史を持つ。本研究は、このエビの日本列島と琉球列島集団のmtDNA分析を行い、列島間と列島内の集団構造について検討した。また、人為的放逐により形成されたと考えられる北海道の集団についても分析を行い、その起源と遺伝的多様性について検討を行った。日本列島は、本州5河川、四国と九州の各1河川で採集した210個体、琉球列島は奄美大島2河川、沖縄島と西表島の各1河川で採集した116個体を調べた。北海道集団は、札幌市周辺の4河川で採集された113個体を調べた。CO I領域603塩基の配列を決定して系統樹を作成した結果、日本列島と琉球列島に対応した2クレードが形成された。これらの分岐年代は127-274MYとなり、トカラ海峡の成立とそれに伴う分断がクレード形成の大きな要因と考えられた。日本列島内でAMOVAとネットワーク解析を行った結果、有意なF_ST値や地域特有のクラスターは検出されず、均質な集団構造を持つことが示唆された。一方、琉球列島ではF_ST=0.048と有意な遺伝的分化が検出された。西表島では直接の祖先-子孫関係にあるハプロタイプが多く観察され、比較的長期にわたって他の島嶼集団と隔離されてきたことが示唆された。北海道集団のハプロタイプは全て日本列島集団のクレードに属し、日本列島集団が起源であることが示された。ハプロタイプ多様度は日本列島集団に比べて有意に低かったが、0.9以上で河川間に遺伝的分化はみられなかった。このことから北海道集団の創始者サイズは大きく、少なくとも調べた地域内では幼生の沿岸を通じた分散により均質な集団が形成されていることが示唆された。