ヤマトシジミは内水面漁業において重要な漁業資源であるが、全国的に漁獲量の減少が続いている。各産地では、資源量増加の取り組みとして種苗の放流などが行われているが大きな効果は得られていない。島根県の宍道湖では現在、ヤマトシジミ資源量の動態を把握するために採泥器を用いた調査が行われている。この手法は、目視で採集個体の状態確認や個体数を正確に計測できる一方で大型機材や人手が必要となる。そこで本研究では、近年、様々な生物分類群におけるモニタリング方法として注目されている環境DNA分析をヤマトシジミに適用することを検討した。本手法は、野外で採取した水などに含まれる生物由来のDNAを分析することで、対象種の生息状況を簡便に推定できる技術である。
まず、環境DNA分析をヤマトシジミの生物量調査に適用するにあたり、ヤマトシジミ種特異的プライマーを開発後に湖沼の水と泥のサンプルのどちらのDNAを捕集する方が適しているのかを調べたところ、水サンプルに含まれるDNA濃度の方が目視による資源量調査結果と相関する傾向がみられた。次に、いくつかの魚類で既報のDNA分解抑制試薬がヤマトシジミのDNAにとっても効果を示すことが確認された。これらの成果を元に、2017年6月と10月にそれぞれ宍道湖内122箇所の一斉採水調査を行った。その結果、ヤマトシジミの産卵期初期である6月ではヤマトシジミのDNAが宍道湖岸全域で分布している傾向がみられた。一方、成長期である10月では、とくに南東部にかけてDNA濃度が高い傾向を示した。これらの環境DNA結果は、宍道湖に生息するヤマトシジミの資源量調査結果と傾向が一致していると考えられた。今後、野外調査データの精査と室内実験によるDNA濃度と生物量の関係を解明することで、環境DNAを用いたヤマトシジミ資源量の推定が可能になると思われる。