生物のモニタリング手法として環境DNA分析手法の利用が進んでいる。さらに近年では、環境DNAを継続して定量することで、産卵個体による環境DNA濃度の増加や、放精に伴うミトコンドリアDNAに対する核DNAの濃度比の増加を捉え、繁殖期および繁殖場所の推定に用いることができる可能性が示されている。本研究では、琵琶湖に流入する野洲川の河口部に自然再生事業として形成されたヨシ帯を調査地とした。このヨシ帯では、事業評価のために産卵状況の目視調査が行われている。しかし、目視調査ではコイ科魚類の卵や仔稚魚の種の判別が困難であるという課題がある。そこで、環境DNA分析手法を導入することでコイ科魚類の種を判別した産卵状況のモニタリングを試みた。ヨシ帯に産卵するコイ科魚類であるコイとフナ属魚種を対象に環境DNAの定量を行った結果、環境DNA濃度の増加や、核DNA濃度比の増加が見られ、これらは産卵行動にともなうものであると考えられた。コイとフナ属魚種では環境DNAが増加した時期に違いが見られ、これらの種を判別してモニタリングすることができる可能性が示された。また、コイではヨシ帯内においても顕著な環境DNAの増加が見られない地点があり、ヨシ帯内でも産卵が頻繁にある場所とそうでない場所を推定された。本研究では、再生ヨシ帯を調査地として特に産卵が頻繁に行われたと考えられる時期および場所を推定することができた。今後、環境DNA分析手法が形態的な種の判別を伴わない産卵状況のモニタリング手法として他の種にも応用されることを期待する。