オガサワラオオコウモリ（Pteropus pselaphon）は小笠原諸島唯一の固有哺乳類であり、環境省レッドリストでは絶滅危惧ⅠAに分類されている。核DNAを対象とした遺伝的多様性の解析が未実施なため、本種の絶滅リスクや将来にわたる存続性はわかっていない。一方で、琉球諸島に固有のオリイオオコウモリ（P. dasymallus inopinatus）は、準絶滅危惧ながら個体数は安定しているという報告がある。本研究ではこれら2種の全ゲノム解読を実施し、保全遺伝学の観点から遺伝的多様性を解析した。近縁種であるクロオオコウモリ（P. alecto）やジャワオオコウモリ（P. vampyrus）、インドオオコウモリ（P. giganteus）、マダガスカルオオコウモリ（P. rufus）の全ゲノムデータもNCBI GenBankよりダウンロードし解析に加えた。ANGSDのrealSFSを利用して各種1個体のゲノムワイドなヘテロ接合度を算出し、多様性の指標として種間比較した。
　解析の結果、オガサワラオオコウモリのゲノム上のヘテロ接合座位（一塩基多型、SNPs）の数は約18万座位、ゲノムワイドなヘテロ接合度は2.4×10^-4であり、6種の中ではいずれも最小だった。次いでオリイのSNPs数が約44万座位でヘテロ接合度が4.9×10^-4、マダガスカルが約90万座位で1.0×10^-3、インドが331万座位で3.7×10^-3、クロが515万座位で6.1×10^-3、ジャワが582万座位で6.1×10^-3だった。
　この結果から日本に生息するオオコウモリ2種の遺伝的多様性は近縁種と比べて極めて低いことがわかった。オガサワラオオコウモリだけではなく、生息状況が安定しているとされるオリイオオコウモリでも絶滅リスクが高いことが懸念される。更なる遺伝解析、継続的な生態調査や個体数モニタリングが重要である。