樹木集団は長期的な気候変動に応じて分布域を変遷させながら、環境適応して生存している。そのため同一種でも地域間で遺伝的な違いが生じており、分布形成過程の理解には遺伝的多様性及び遺伝構造を調査する必要がある。本研究で調査したシナノキ (Tilia japonica) は北海道から九州まで広く分布する冷温帯性落葉広葉樹である。本研究では日本に自生するシナノキの遺伝的多様性と遺伝構造を評価し、日本全国における分布形成過程を推定した。北海道から九州まで分布する全41集団255個体を対象に、MIG-seq (Multiplexed ISSR Genotyping by Sequencing) 法にてSNP (Single Nucleotide Polymorphism) を取得した。遺伝的多様性はヘテロ接合度の観測値 (Ho) 、ヘテロ接合度の期待値 (He) 、塩基多様度 (π) 、近親交配係数 (F_IS) を算出した。遺伝構造はPopClusterにて解析した。集団間の遺伝的分化 (F_ST) を算出し、改訂版近隣結合法BIONJによる系統樹の作成とPCoA (Principal Coordinates Analysis) 分析を行った。距離による隔離の有意性を検証した。シナノキ全集団の平均Heは0.067であった。北日本 (関東以北) と南日本 (中部以南) を比較した結果、He, Ho, πはどれも北日本の方が有意に高かった。また、全集団の平均F_ISは0.005で全集団が任意交配を行なっていた。PopCluster解析より、遺伝構造の分割数K = 2が最適であり、北方で優占したクラスターが南方になるにつれて徐々に減少した。PCoA分析と系統解析においても、関東以北と中部以南の南北で集団が分かれており、距離による隔離により集団間の遺伝的な違いが形成された可能性が示唆された。これらの結果から、過去から現在にかけて集団間の頻繁な遺伝子交流があると考えられる。分布形成過程は北方から南下して分布拡大した可能性や北方と南方に異なる逃避地が存在し、中部地方で混合した可能性がある。今後は、中国大陸のサンプリングや分岐年代推定、種分布モデルを用いて分布変遷過程をより正確に推定する。