自然再生マニュアルの作成・運用については、専門家による科学的な知見や手法の積み重ねが大前提となるが、実際の自然再生を行う上では、地域の環境行政に携わる基礎自治体（市町村）の関わり方も重要となってくる。
一方で、自然再生の現場では専門家の認識と基礎自治体の認識に齟齬が生じるような現場も多く存在し、有効な施策を行うことが困難となるような事例もある。
自治体職員として働きながら出向により大学院で生態学を専攻し、行政マンと研究者の両方を経験した経緯から、基礎自治体の持つ生態（特性や行動原理）を読み解き、いかにして両者が協働して自然再生マニュアルを実効性のあるものとしていくことができるかを述べる。