ヒトの腸内には数百種類にも及ぶ細菌種から構成される腸内細菌叢が形成されており、健全な腸内細菌叢が形成された場合には宿主免疫系の調節を含む様々な生理活性を宿主に対してもたらすことが広く知られている。それ故、腸内細菌とヒトの共生を支える分子基盤、すなわち、健全な腸内細菌叢がどのようにして形成されているのか、またヒトの健康に如何にして影響を及ぼしているのかを分子レベルで理解することは極めて重要と考えられる。このような背景の中、我々はこれまでの研究活動において、有用な細菌種として代表的なビフィズス菌（Bifidobacterium属細菌）に焦点を当て、ヒトとの共生機構を分子レベルで解明することに取り組んできた。本講演では、ビフィズス菌とヒトの間で見られる共生系、特に乳児期に見られる特異的な共生系について我々の成果を中心に概説すると共に、当該共生系を築き上げるために両者が如何なる共進化を遂げてきたかについて考察したい。