エゾヤチネズミは、大陸から渡ってきたという地史的背景や移動分散能力が低いことから、様々な空間スケールにおいて異なる時間スケールが反映された空間的遺伝構造が存在すると予測される。本研究では、ミトコンドリアDNAコントロール領域の多型情報に基づき、北海道のエゾヤチネズミ個体群（N = 559）の空間的遺伝構造を異なる時空間スケールを設定して分析した。

まず、地史の影響を明らかにするために、分子系統樹を作成した。その結果、系統関係と地理的分布に関連性は見られなかった。また、深い分岐は見られず、全171ハプロタイプが1つにまとめられた。次に、より近年の生態学的要因による影響を明らかにするために、集団間の地理的距離と遺伝的距離の関係を2つの空間スケールで調べた。遺伝的距離の指標には、突然変異に基づくハプロタイプ間の塩基置換数を考慮したΦstとハプロタイプ頻度のみを考慮したFstの2つを用いた。その結果、地域スケール（北海道全域）では、19地域個体群間の地理的距離とΦstの間に正の相関関係が見られたが、地理的距離とFstの間には関係性が見られなかった。一方、個体の移動分散の影響がより強く反映される局所スケール（2 km以下）では、8調査区間の地理的距離とΦstの間には関係性が見られなかったが、地理的距離とFstの間には正の相関関係が見られた。

北海道のエゾヤチネズミ個体群は、同じ地史的背景をもった集団であると考えられる。そして、地域スケールにおいては、突然変異が加味できる時間スケールで距離による隔離パターンが成立し、局所スケールにおいては、ごく短い時間スケールで距離による隔離パターンが成立すると考えられる。